Ainz Ooal Gown, penyihir undead yang sebelumnya dikenal sebagai Momonga, telah menerima tempatnya di dunia baru ini. Meskipun memiliki kemiripan dengan game realitas virtual kesayangannya Yggdrasil, game ini masih menyimpan banyak misteri yang ingin dia ungkapkan, dengan memanfaatkan kekuatannya sebagai penguasa Makam Besar Nazarick. Namun, sejak cuci otak salah satu bawahannya, Ainz menjadi waspada terhadap bahaya yang akan datang dari Slane Theocracy, serta kemungkinan keberadaan mantan pemain Yggdrasil lainnya. Sementara itu, Albedo, Demiurge, dan pengawal setia Ainz lainnya bersiap untuk langkah selanjutnya dalam kampanye mereka: perang pertama Nazarick…

Overlord II mengambil cerita segera setelah prekuelnya, melanjutkan kisah Ainz Ooal Gown, pasukan penjaganya yang membenci manusia, dan banyak manusia malang yang terkena dampak kedatangan Overlord.